地球的文明在2050年，已经高度发达，人类发明了多种机器人来帮助人类开发能源，但此类机器人在经过长时间使用后，都被地球人废弃在山脚下，被地球人当成了垃圾。

A.S. 122年―― 这是许多企业进出宇宙，建构起巨大经济圈的时代。 从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利， 作为米奥莉奈的新郎，作为股份有限公司高达的一员，度过了充满邂逅与刺激的学

在未来，由于地球资源枯竭，人类面临着严重的死亡威胁、感染疾病、饥荒和战争，地球即将走向灭亡。一组科学家推出“立方计划（HEXA）”，旨在于太空中探索和寻找一个人类可居住的星球。

200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱